Valstybinio mokslinių tyrimų institutas Inovatyvios medicinos centras tyrimus vykdo keturiose pagrindinėse LR Vyriausybės patvirtintose mokslinės veiklos kryptyse:
1. Regeneracinių organizmo galimybių ir mechanizmų tyrimai ir jais pagrįstų gydymo technologijų kūrimas.
2. Imunodiagnostikos ir individualizuotos imunoterapijos technologijų kūrimas.
3. Naujų terapinės paskirties molekulių kūrimas ir biofarmacijos tyrimai.
4. Inovatyvių diagnostikos, gydymo, sveikatos stebėsenos ir ligų prevencijos technologijų tyrimai ir kūrimas.
Lietuvos Respublikos švietimo, mokslo ir sporto ministro 2022 m. balandžio 19 d. įsakymu Nr. V-585 “Dėl 2022-2026 metų institucinių mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros programų patvirtinimo” patvirtintos Valstybinio mokslinių tyrimų instituto Inovatyvios medicinos centro ilgalaikės mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros programos: